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化学格式

概述​

化学信息通常以文件或数据流的形式提供，并已形成许多文档完善程度不一的格式。

Labii 正在开发一系列小插件，用于将一种化学格式转换为其他化学格式。小插件列表如下：

小插件类型说明
Obabel章节使用 Open Babel 转换化学格式
CACTVS Formats章节将结构标识符解析为文件

Obabel​

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Open Babel 是一个化学专家系统软件，主要用于在不同化学文件格式之间进行转换。此小插件使用 Open Babel 的 Obabel 功能，几乎可以转换所有化学格式，非常适合在不同程序之间快速迁移数据。

转换格式：

  1. 将数据复制并粘贴到 Input 字段中。
  2. 也可以选择一个章节，从某个化学绘图小插件加载数据。
  3. 确认 Input format 正确。
  4. 选择 Output format。
  5. 点击 Submit。
  6. 复制转换后的数据，或点击 Download 下载。

支持的格式：

  • mol -- MDL MOL format
  • pdb -- Protein Data Bank format
  • smi -- SMILES format
  • xyz -- XYZ cartesian coordinates format
  • CONFIG -- DL-POLY CONFIG
  • CONTCAR -- VASP format
  • HISTORY -- DL-POLY HISTORY
  • POSCAR -- VASP format
  • VASP -- VASP format
  • abinit -- ABINIT Output Format
  • acesin -- ACES input format
  • acesout -- ACES output format
  • acr -- ACR format
  • adf -- ADF cartesian input format
  • adfout -- ADF output format
  • alc -- Alchemy format
  • arc -- Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR format
  • ascii -- ASCII format
  • axsf -- XCrySDen Structure Format
  • bgf -- MSI BGF format
  • box -- Dock 3.5 Box format
  • bs -- Ball and Stick format
  • c09out -- Crystal 09 output format
  • c3d1 -- Chem3D Cartesian 1 format
  • c3d2 -- Chem3D Cartesian 2 format
  • cac -- CAChe MolStruct format
  • caccrt -- Cacao Cartesian format
  • cache -- CAChe MolStruct format
  • cacint -- Cacao Internal format
  • can -- Canonical SMILES format
  • car -- Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR format
  • castep -- CASTEP format
  • ccc -- CCC format
  • cdx -- ChemDraw binary format
  • cdxml -- ChemDraw CDXML format
  • cht -- Chemtool format
  • cif -- Crystallographic Information File
  • ck -- ChemKin format
  • cml -- Chemical Markup Language
  • cmlr -- CML Reaction format
  • com -- Gaussian 98/03 Input
  • copy -- Copy raw text
  • crk2d -- Chemical Resource Kit diagram(2D)
  • crk3d -- Chemical Resource Kit 3D format
  • csr -- Accelrys/MSI Quanta CSR format
  • cssr -- CSD CSSR format
  • ct -- ChemDraw Connection Table format
  • cub -- Gaussian cube format
  • cube -- Gaussian cube format
  • dat -- Generic Output file format
  • dmol -- DMol3 coordinates format
  • dx -- OpenDX cube format for APBS
  • ent -- Protein Data Bank format
  • fa -- FASTA format
  • fasta -- FASTA format
  • fch -- Gaussian formatted checkpoint file format
  • fchk -- Gaussian formatted checkpoint file format
  • fck -- Gaussian formatted checkpoint file format
  • feat -- Feature format
  • fh -- Fenske-Hall Z-Matrix format
  • fhiaims -- FHIaims XYZ format
  • fix -- SMILES FIX format
  • fps -- FPS text fingerprint format (Dalke)
  • fpt -- Fingerprint format
  • fract -- Free Form Fractional format
  • fs -- Fastsearch format
  • fsa -- FASTA format
  • g03 -- Gaussian Output
  • g09 -- Gaussian Output
  • g92 -- Gaussian Output
  • g94 -- Gaussian Output
  • g98 -- Gaussian Output
  • gal -- Gaussian Output
  • gam -- GAMESS Output
  • gamess -- GAMESS Output
  • gamin -- GAMESS Input
  • gamout -- GAMESS Output
  • gau -- Gaussian 98/03 Input
  • gjc -- Gaussian 98/03 Input
  • gjf -- Gaussian 98/03 Input
  • got -- GULP format
  • gpr -- Ghemical format
  • gr96 -- GROMOS96 format
  • gro -- GRO format
  • gukin -- GAMESS-UK Input
  • gukout -- GAMESS-UK Output
  • gzmat -- Gaussian Z-Matrix Input
  • hin -- HyperChem HIN format
  • inchi -- InChI format
  • inchikey -- InChIKey
  • inp -- GAMESS Input
  • ins -- ShelX format
  • jin -- Jaguar input format
  • jout -- Jaguar output format
  • k -- Compare molecules using InChI
  • lmpdat -- The LAMMPS data format
  • log -- Generic Output file format
  • mcdl -- MCDL format
  • mcif -- Macromolecular Crystallographic Info
  • mdl -- MDL MOL format
  • ml2 -- Sybyl Mol2 format
  • mmcif -- Macromolecular Crystallographic Info
  • mmd -- MacroModel format
  • mmod -- MacroModel format
  • mna -- Multilevel Neighborhoods of Atoms (MNA)
  • mol2 -- Sybyl Mol2 format
  • mold -- Molden format
  • molden -- Molden format
  • molf -- Molden format
  • molreport -- Open Babel molecule report
  • moo -- MOPAC Output format
  • mop -- MOPAC Cartesian format
  • mopcrt -- MOPAC Cartesian format
  • mopin -- MOPAC Internal
  • mopout -- MOPAC Output format
  • mp -- Molpro input format
  • mpc -- MOPAC Cartesian format
  • mpd -- MolPrint2D format
  • mpo -- Molpro output format
  • mpqc -- MPQC output format
  • mpqcin -- MPQC simplified input format
  • mrv -- Chemical Markup Language
  • msi -- Accelrys/MSI Cerius II MSI format
  • msms -- M.F. Sanner's MSMS input format
  • nul -- Outputs nothing
  • nw -- NWChem input format
  • nwo -- NWChem output format
  • out -- Generic Output file format
  • outmol -- DMol3 coordinates format
  • output -- Generic Output file format
  • pc -- PubChem format
  • pcm -- PCModel Format
  • pdbqt -- AutoDock PDQBT format
  • png -- PNG 2D depiction
  • pos -- POS cartesian coordinates format
  • pov -- POV-Ray input format
  • pqr -- PQR format
  • pqs -- Parallel Quantum Solutions format
  • prep -- Amber Prep format
  • pwscf -- PWscf format
  • qcin -- Q-Chem input format
  • qcout -- Q-Chem output format
  • report -- Open Babel report format
  • res -- ShelX format
  • rsmi -- Reaction SMILES format
  • rxn -- MDL RXN format
  • sd -- MDL MOL format
  • sdf -- MDL MOL format
  • smiles -- SMILES format
  • svg -- SVG 2D depiction
  • sy2 -- Sybyl Mol2 format
  • t41 -- ADF TAPE41 format
  • tdd -- Thermo format
  • text -- Read and write raw text
  • therm -- Thermo format
  • tmol -- TurboMole Coordinate format
  • txt -- Title format
  • txyz -- Tinker XYZ format
  • unixyz -- UniChem XYZ format
  • vmol -- ViewMol format
  • xed -- XED format
  • xml -- General XML format
  • xsf -- XCrySDen Structure Format
  • xtc -- XTC format
  • yob -- YASARA.org YOB format
  • zin -- ZINDO input format

CACTVS Formats​

观看嵌入式视频

CACTVS 即 CADD Group Chemoinformatics Tools and User Services（https://cactus.nci.nih.gov/）。NCI/CADD 团队是美国国家癌症研究所化学生物学实验室下属的研究部门。

化学信息学工具包 CACTVS 可将结构标识符解析为化学格式。

点击 Submit 转换文件格式。点击 Download 按钮即可下载文件。

支持的格式：

  • alc -- Alchemy format
  • cdxml -- ChemDraw CDXML format
  • cerius -- MSI Cerius II format
  • charmm -- Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics file format
  • cif -- Crystallographic Information File
  • cml -- Chemical Markup Language
  • ctx -- Gaussian input data file
  • gjf -- Gaussian 98/03 Input
  • gromacs -- GROMACS file format
  • hyperchem -- HyperChem file format
  • jme -- Java Molecule Editor format
  • maestro -- Schroedinger MacroModel structure file format
  • mol -- MDL MOL format
  • mol2 -- Sybyl Mol2 format
  • mrv -- Chemical Markup Language
  • pdb -- Protein Data Bank format
  • sdf -- MDL MOL format
  • sdf3000 -- Symyx Structure Data Format 3000
  • sln -- SYBYL Line Notation
  • smiles -- SMILES format
  • xyz -- XYZ cartesian coordinates format
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最后由 Yonggan Wu 于 更新