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化学绘图

概述​

Labii 化学绘图小插件是一组交互式工具，用于创建和处理化学结构与反应。这些小插件常用于科学研究、化学教育和药物发现流程。

Labii 化学绘图小插件提供易于使用的界面，让科学家、化学家和学生能够通过多种输入方式绘制化学结构与反应。这些方式包括鼠标和键盘输入，以及触摸屏设备上的触控操作。

这些小插件提供一套完整的功能，可表示有机化合物、无机化合物、多肽和聚合物等多种分子。用户可以从预定义库中选择并放置原子、化学键、官能团和其他化学实体，也可以使用绘图工具手动构建结构。

除了绘制结构外，这些小插件还支持修改和处理已有的分子与反应，包括编辑原子的连接关系、更改键类型、添加或移除官能团，以及执行成环或开环等转换。

Labii 化学绘图小插件还支持使用立体化学、电荷、同位素和反应条件等化学属性为结构添加注释。用户可以在分子结构旁输入并显示这些信息，从而提供更完整的表示。化学绘图小插件还能够执行化学子结构搜索和相似性搜索。

此外，这些小插件通常还提供三维分子结构可视化、生成化学反应的二维和三维图示，以及计算分子量、分子式和立体化学分析等化学属性的功能。它们还可与外部数据库和工具集成，让用户查询特定化合物的更多信息或执行高级分析。

Labii 化学绘图小插件为化学科学家和学生提供了强大的工具，使其能够在数字环境中直观、高效地创建、修改和分析化学结构与反应。

观看嵌入式视频

小插件​

通用功能​

以下是所有绘图小插件共有的一些功能。

保存​

点击 Save 按钮保存分子或反应。

文件导入​

大多数绘图工具支持特定类型的分子文件。Labii 增加了文件导入功能，以支持常见文件类型。目前支持的文件类型包括：

  • *.mol
  • *.sdf / *.sd
  • *.cml
  • *.inchi
  • *.smi / *.smiles

如需支持其他文件类型，请联系我们。

若要导入文件，请点击云图标，或将文件拖放到云图标上。

使用 Substructure Search 返回与某个绘图小插件中存储的完整结构或子结构匹配的记录。

Labii 的子结构搜索可帮助您查找已登记的化学物质，或处理过某个反应的实验。要使结构可被搜索，必须使用其中一个化学绘图小插件存储结构。

Labii 首先使用 Open Babel 为每个结构生成分子指纹，然后使用这些指纹执行子结构搜索。

执行子结构搜索：

  1. 绘制结构
  2. 点击 Save
  3. 点击 Substructure Search
  4. 在新标签页中选择要搜索的表
  5. 结果将显示在该标签页中。
注意

不同的绘图工具处理分子的方式不同。请始终使用同一个绘图工具，以获得一致的搜索结果。

您也可以使用化学绘图小插件执行相似性搜索。Labii 使用 Tanimoto 系数进行相似性搜索。默认情况下，Labii 返回相似度大于 65% 的结果。

$$ SIMab = c/(a+b-c) $$

  • c：两个指纹中共同设置的位数
  • a 和 b：A 和 B 的指纹中设置的位数

执行相似性搜索：

  1. 绘制结构
  2. 点击 Save
  3. 点击 Similarity Search
  4. 在下拉菜单中选择相似度：
    1. 65%
    2. 75%
    3. 85%
    4. 95%
  5. 结果将显示在该标签页中。

只读视图​

在只读状态下，绘图界面将被隐藏，并改为显示分子或反应的图片。

使用 AI 生成化学结构​

Labii 允许用户输入化学名称或 CAS 号，从而简化创建化学结构的流程。借助 Labii 的直观界面，研究人员只需提供正在处理的化合物的基本信息，即可轻松生成准确的化学结构。这种简化的方法可节省时间，并确保分子结构得到准确表示，以便有效开展分析和研究。

化学绘图小插件的 AI 功能

用法​

打开 AI Assistant

点击 AI Assistant 按钮。

输入化合物

在聊天框中输入化学名称或 CAS。

（可选）编辑 SMILES

点击 Edit 修改返回的 SMILES 字符串。

替换绘图工具中的内容

点击 Replace，将 SMILES 加载到绘图工具中。

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最后由 Yonggan Wu 于 更新