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NGS LIMS

概述​

Labii NGS LIMS 帮助实验室通过可追溯、结构化和可重复的工作流程管理下一代测序（NGS）操作。它在一个系统中集中管理样本接收、提取、文库制备、测序输出和实验文档。

此应用程序专为需要在 NGS 运行中实现清晰的保管链和操作一致性测序核心、转化研究小组、生物科技团队和分子诊断实验室而设计。它通过连接材料、协议、存储和消耗记录，减少人工跟踪错误并提高数据完整性。

Labii NGS LIMS 基于 Labii 平台构建，并与核心 ELN 和工作流程功能协同工作。有关 Labii 平台的更多信息，请参阅 实验室信息管理系统 (LIMS)。

包含的表格​

NGS LIMS 模板包含以下表格：

  • pj_project
  • core_receiving
  • ngs_sample
  • ngs_extract
  • ngs_library
  • ngs_fastq
  • eln_experiment
  • eln_protocol
  • core_storage
  • core_consumption

使用场景​

从样本到 FASTQ 的集中跟踪​

  • 跟踪从接收、提取、文库和 FASTQ 输出的每种材料状态
  • 在上游材料和下游测序产物之间保持血统关系
  • 减少团队交接时文档中的空白

测序核心操作​

  • 标准化接收、登记和处理工作流程
  • 在仪器和操作员之间记录协议使用和实验执行
  • 提高内部和外部项目的周转可见性

受监管和注重质量的环境​

  • 保留完整的审计准备记录，用于样本处理和转换
  • 使操作实践与 GLP/GMP 风格的文档期望保持一致
  • 提高可重复性和检查准备就绪程度

入门​

前往 设置 → 应用程序。

点击 添加应用程序 并选择 从模板添加。

从模板列表中选择 NGS LIMS。

确认模板安装并从侧边菜单打开应用程序。

可选安装 设备管理 以捕获与测序工作流程相关的仪器和设备使用情况。

核心工作流程​

样本接收和登记​

使用此工作流程注册传入的样本，并确保每个项目以完整的元数据进入 NGS 管道。

打开 接收 表格并为传入的货物或样本批次添加新的接收记录。

捕获登记详情，如标识符、来源、条件和接收时间。

将接收的物品链接到项目上下文并创建或关联相应的 NGS 样本记录。

在将材料移入提取工作流程之前验证可追溯性字段。

从提取到文库的进展​

使用此工作流程将材料通过提取和文库制备，同时保持血统关系。

在 ngs_sample 中创建或打开 NGS 样本记录。

在 ngs_extract 中生成关联的提取记录并记录提取特定的元数据。

从符合条件的提取物中在 ngs_library 中创建文库记录。

检查样本、提取物和文库记录之间的父子链接以确认连续性。

FASTQ 注册和实验文档​

使用此工作流程将测序输出与实验和协议连接。

在 ngs_fastq 中创建 FASTQ 输出记录并附加输出元数据。

在 eln_experiment 中记录运行上下文并链接相关材料。

从 eln_protocol 关联应用的 SOP 或协议。

将生成的文件和相关产物存储在指定的存储记录中，以便下游分析和检索。

存储和消耗控制​

使用此工作流程维护库存位置历史和材料使用事件。

在 core_storage 中记录材料存储分配和状态更新。

在提取、文库制备和测序活动期间在 core_consumption 中记录材料使用事件。

在启动其他工作流程之前查看可用性和使用历史。

高级功能​

可视化工作流程执行​

Labii 过程工作流程可以将复杂的 NGS 程序转换为引导式、可视化的执行路径，以减少协调开销。

信息

当涉及多个用户或交接阶段时，使用基于过程的执行可以提高一致性和可追溯性。

一键材料进展​

在配置的章节中，执行工作流程 可以自动转换并记录材料消耗和下游材料创建的更新。

提示

这种方法适用于高通量环境，其中手动状态更新可能会引入延迟或错误。

SOP 中心的实验治理​

通过将实验与协议链接，团队可以强制执行过程对齐并提高项目间的可重复性。

故障排除​

问题：无法看到 NGS LIMS 模板​

症状：您无法在模板选择中找到 NGS LIMS。

确认您在 设置 → 应用程序 并选择了 从模板添加。

检查应用程序是否已在您的组织中安装。

如果仍然不可用，请联系您的 Labii 管理员或 Labii 支持以确认模板是否对您的账户可用。

问题：样本、提取物和文库之间缺少血统关系​

症状：下游记录存在但上游链接不完整。

打开受影响的记录并检查 ngs_sample、ngs_extract 和 ngs_library 之间的链接字段。

更新缺失的关系并保存记录。

在需要的地方重新运行工作流程操作，以便生成的记录继承正确的父级引用。

问题：工作流程自动化未按预期进行​

症状：执行工作流程 未更新预期的下一阶段。

验证当前记录中是否已填写了必填字段。

确认工作流程步骤是否已在您的组织设置中正确配置。

使用新记录进行测试，以隔离问题是特定于配置还是特定于记录。

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最后由 Yonggan Wu 于 更新